曼德拉的失败和灰烬石粉碎一年后，马尔托人继续寻找碎片。当一个霸天虎用一片破碎的碎片创造了一个新的敌人时，马尔托人意识到威特威奇的生活即将陷入混乱。
这里是空中漂浮着众多岛屿的空之世界。在信奉神秘的岛屿“赛克汀瑟”上生活的少年格兰，以及会说话的羽蜥碧，某天，遇见了谜之美少女——露莉亚。露莉亚，是从企图以强大的军事力量支配这个空之世界的军事国家艾尔斯提帝国那里逃来的。格兰与露莉亚为了逃离帝国，带着格兰的父亲留下的写有“在星之岛伊斯塔鲁西亚等着”的书信，展开了前往壮大天空的旅程。格兰，在赛克汀瑟岛和羽蜥碧一起生活的少年。以失踪了的父亲留下的书信写着的“星之岛，伊斯塔鲁西亚”为目标，平时总是日不间断地锻炼，爱向有困难的人伸出温暖的援手。以跟露莉亚的相遇为契机，离开故乡踏上旅途。露莉亚，拥有驾驭星晶兽的能力的少女。被试图研究这种特殊能力的艾尔斯提帝国幽禁起来。从帝国逃脱过程中被格兰所搭救，和他一起踏上旅途。碧，从格林小时候开始就伴随其左右一起生活，如同搭档般的存在。喜欢吃苹果。讨厌被别人当作蜥蜴和小动物对待。卡塔莉娜·亚莉泽，艾尔斯提帝国的骑士。曾经担任露莉亚的护卫和监视工作，但是知道了帝国是想利用露莉亚来获取强大的力量一事后，向帝国举起了反旗。把露莉亚当作妹妹一样重视。拉卡姆，操纵飞渡天空的飞艇“骑空艇”的精明能干的操舵士。受到过去的事故的打击而拒绝再乘上骑空艇。虽然看似很粗鲁的一个人，实际上是很会照料别人，也有好管闲事的一面。
那还是人与非人的世界未曾分开的远古故事。
藤原拓海由于不败的战绩，必然会受到新的挑战。《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了赛车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。
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深夜的京都花街，舞伎结束表演工作后会返回屋形（宿舍）。担任一处屋形的厨娘的16岁少女清在深夜也等待着她们，献上温暖的料理，同时描绘着她和这群女孩互动的温暖的日常生活。
