《迷你特工队之超级恐龙力量特别篇》讲述的是迷你特工队和想要侵略地球的汪汪海盗团之间斗智斗勇的故事。由于受到汪汪海盗团头目奇奇的欺瞒，海盗团行动队长波波和其他海盗团成员坚定地想要侵略地球，抢夺地球上的资源。但波波不小心流落在地球上了，并和迷你特工队以及地球上友善的人们展开了一系列的故事，过程中得到地球人的帮助，也感受到了地球人的真诚。最终波波识破了奇奇的阴谋，和迷你特工队一起战胜了奇奇的最强机器人。
4月。下雨的早晨。开始凋零的樱花被雨滴打落，漂浮在积水之上。学生们撑着五颜六色的雨伞，穿过高中的校门。“早啊，莲”。鞋柜前，裤袜湿透的莲被由亚搭话。略显忧郁的莲回过头去，看到全身湿透的帆美蹦蹦跳跳地走来，热闹地说着话。3个女学生没啥营养的对话，向教室宣告了新学期的来临。少女们无可替代的宝贵时间向前飞逝，季节渐渐转变……
在封印的都市中被废弃的天象馆，误入其中的男人所见到的机器人少女，那是被繁星所引导的奇迹的物语。那是世界大战之后雨下个不停的世界。受到细菌武器的影响，而被人们抛弃了的最危险的城市“封印都市”。在某个百货商场的天文馆中，有一个机器人少女。她的名字是“星野梦美”。她是天文馆的解说员，1年之中只有7日运行的损坏的机器人。就这样，少女在这30年间始终相信着会有某个人到访天文馆，一个人在这个没有其他人的世界等待着。然后，在第三十个年头醒来的那天，她的面前出现了一个男人。
伏魔三劍俠打敗了基比爾，阻止了惡魔族侵略地面。但由於大魔王加爾巴的詛咒，令三人永遠被封閉於一個膠囊之中。其後出現了更凶惡的妖怪軍團，飽受妖怪バックベアード困擾的主角月村圭接受了妖怪研究專家大馬博士（ダイマ博士）的七星壇儀式，使全宇宙最明亮光耀的破軍星降臨到地上，而破軍星當中就包含著三劍俠的魂魄。月村圭承繼了佐比丹的魂魄，成為了超越神的戰士超神Bibyun（超神ビビューン），而他的同學菅一郎及渡部剛，亦分別承繼了伊比路及加貝拉的魂魄，成為了超神Basharn（超神バシャーン）及超神Zshen（超神ズシーン）三位超神為了大地的和平及正義，決心與由大魔王加爾巴控制的妖怪軍團對抗到底。
拉梅塔尔星球 (LaMetal) 开始了一场与地球的征服战争，唯一能够保护世界免受这场威胁的人是千禧女王 (Queen Millennia)，她是拉梅塔尔 (La-Metal) 的前公主，并将地球作为自己的家园。
