末流门派掌门君常笑，万万没想到：随便招来的高冷女弟子深藏不露，路上闭眼救的男弟子竟是第一天才，踢个球把重生后的武帝踢到怀疑人生，看着废物的小弟是个陨落的天才……这个宗门，全是妖孽啊…上苍要我末流门派逆天，挡不住啊...
被称为木星蜥蜴的神秘敌人第一次袭击地球是在2195年，面对拥有压倒性力量的敌人，地球军束手无策，火星连同殖民地一起落入敌人手中。这就是“第一次火星会战”一年之后，为了夺回火星，民间组织尼鲁加路重工以最新的科技造出新型战舰NADESICO号，召集来的船员包括以年轻的女舰长御统由利加为首，她青梅竹马的朋友，身兼厨师和机师的天河名人，其他船员虽然各有所长，但人格和来历都有一点问题。在战斗变得白热化之际，一个重大的真相被揭发了，敌人原来是100年前被放逐到木星的地球人子孙。他们想得到能够令其运用来往行星间的瞬间移动技术，玻色子跳跃的火星遗迹。跟木连的和谈以失败告终，为了争夺火星的遗迹，NADESICO、木连和尼鲁加路的三方混战开始了，到此为止，是地球跟木连战斗的历史，后来，地球和木连结盟，宇宙总算恢复和平，以上是TV版的剧情。
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社会在“前所未有的大灾难”的冲击下持续动荡不安。住在东京的青年浅野铃四郎有一个难以启齿的秘密，就是他可以暂停时间的流逝，拥有停止时间的力量。直到有一天，浅野铃四郎遇到了拥有同样超能力的少女桥本荠，并在得知桥本荠的能力被利用于犯罪行为后，冲动地帮助了身陷囹圄的她……
白云川市。一个除了学园都市之外，毫无特色的城镇。人们努力振兴城镇，吸引游客，但一切努力都失败了。然而，他们最终却以意想不到的方式吸引了公众的注意。一个行事粗鲁却又责任心强、干劲十足的可靠青年。新海翔。他原本过着普通学生的平静生活，但当白蛇津云神社的神器遭到破坏时，翔的日常生活发生了改变。在阴影中，存在着觉醒了超能力的少年少女。他本应只是生活在毫无特色的城镇里的另一个普通学生。他卷入了由拥有超能力的人展开的奇异命运……
