未来的地球被置于“清洁地球政策”之下，寻求将人口、环境、污染等问题转移到地球之外的出路。随着火星和月球成为工业废料和罪犯流放地，在月球上组织军队的戈德海德博士研制出名为“黑熊”的量产战斗机器人，开始反抗地球。战斗的余波传到了由布鲁海姆博士和西尔维斯特将军指挥的地球联邦军物质传送系统试验场，一枚导弹撞上了实验设备。此次冲击导致电脑爱好者少年香取圭为竞技网游所制作的战斗机器人的数据与地球联邦的计算机混合，而圭编写的程序“Rezarion”通过物质传送装置的力量实体化。由于这些事件，他卷入了一场保护地球的战斗。
1800年前，人类恶念凝聚而成的怪物—八歧大蛇肆虐人间，被以草薙家族为首的武术家们用三件神器封印。 现代，世界综合格斗大赛 - THE KING OF FIGHTERS（简称KOF）召开，全世界的格斗高手集聚南镇。草薙家族的传人-草薙京来到南镇之后，他敏锐地感觉到了大蛇之力的复苏，一切迹象表明KOF大赛背后隐藏着一个巨大的阴谋。 随着KOF大赛的召开，所有的队伍，抱着各自的目的，渐渐被命运之手拉到了一起。而幕后的邪恶势力已然布下了天罗地网，准备将所有的格斗家一网打尽。正义与邪恶的对决一触即发！
