这季将讲到原作小说第5-9本的内容，也将“比第一季更复杂、野心更大”。紧接上季结尾，三姐弟被银行家Poe寄存在普鲁弗洛克预备学校，等待合适监护人，他们会遇见奇葩的同学Carmelita Spats。而尼尔·帕特里克·哈里斯饰演的大坏蛋欧拉夫伯爵，会伪装成欧洲拍卖商Günther来到学校。
新元文明，二百五十三年，犯罪率升高是否与“零度共情者”相关，正成为这个社会越来越让人瞩目的话题。一起送货员被谋杀案牵扯出了一个犯罪团伙，而真凶被确定为最能引起社会讨论的“零度共情者”，案子虽然顺利结束了，但负责该起案件的特调组探员骆为昭却意识到一切并没有表面看起来这么简单。之后人口失踪案、富豪车祸案、走失大学生遇害案，一个个“零度共情者”被推到公众面前，骆为昭（付辛博 饰）意识到除了这些被推出来的凶手外，实习探员裴溯（张新成 饰）似乎也牵扯其中，几起案件背后还另有其人在穿针引线。最后这些犯罪势力被一网打尽，公众也意识到基因决定不了一个人的优劣、善恶，人可以战胜基因，人可以自由选择，只要心存希望之光，哪怕身处幽暗深渊，也终有一天会回到阳光之下。
霸道总裁盛南方因车祸失去了近六年的记忆，当他醒来，世界已经发生了翻天覆地的变化。曾经，他是高高在上的总裁，苏韶颜是一无所有的平民女孩；而现在，苏韶颜找到了自己的亲生父亲，摇身一变成为了天启集团的CEO，盛南方却因盛氏陷入危机，不得不“嫁”给苏韶颜当“赘婿”。
一具无名男性尸体突然被发现于海边，警方在其身上发一张手机卡，里面的所有通讯来往都是保安周大强以方海程的妻子许如云的名义发的，但是许如云早已失踪，而之前约过周大强单独谈话的洛小糖觉得心有愧疚，决定无论如何都要查明真相找出杀人真凶。周大强的死，也使陆天扬和林向晚开始恐慌，两人因为此事闹得不可开交。当年林向晚为逼方海程离婚而机关用尽，她趁方海程不在家时，用给许如云过生日的名义把一直不安好心的周大强骗到了许如云家，灌醉他们后，拍了他们暧昧的照片，想以此要挟许如云离开方海程。因此陆天扬认为是林向晚怕事情曝露而杀害了周大强，而两人的怪异行为也让洛小糖起了疑心，为了不让洛小糖查出事情真相，林向晚极力讨好洛小糖，洛小糖为了深爱的方海程决定打破沙锅问到底，方海程知道了事实真相又会如何？林向晚究竟是不是陷害许如云和杀害周大强的真凶？
