"具有强大力量的电子生命体——像素霸主诞生了！他麾下的干部“天线博士”率先来到现实世界，召唤出不同的像素怪人，通过城市破坏来搜集经验值，让像素霸主能够降临世间，统治世界！ 为了守护地球安全，迷你特工队使用全新装备“超次元召唤器”来对抗像素霸主！被称作“天才玩家”的人类男孩小凯，意外激活了超次元召唤器的真正力量！并且，凭借自身的强大能量和玩家经验，小凯能够为迷你特工队充能、提升战斗力，破解像素怪人作乱的招式，双方逐渐成为默契十足的搭档！ 迷你特工队和小凯在嘻闹玩乐的日常生活、并肩作战的战场经历中，一步步成长为
小日向光（铃木绘理 配音）是一个性格开朗大大咧咧的女孩，神经过于大条的她常常会不经大脑的干出一些让人发笑的蠢事来。大木双叶（茅野爱衣 配音）则和她恰恰相反，沉默内向胆小怕事的她常常因为这样的性格而失去交朋友的机会，但命运让这两个个性大相径庭的女孩子相遇了，她们共同加入了潜水部。虽然表面看来十分暴力但实际上也有着温柔体贴的一面的二宫爱（大西沙织 配音）、吐槽担当二宫诚（梅原裕一郎 配音）、潜水部的顾问，对潜水运动充满了热爱的火鸟真斗（伊藤静 配音），在朋友和师长的围绕下，双叶渐渐树立了自信，找到了努力奋斗的目标和方向。
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故事的舞台设定在一个充满奇幻色彩的异世界，这里人、鬼、妖、仙并存，各方势力错综复杂。
