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故事发生在彩玉大学的理科研究室内，冰室菖蒲（雨宫天 配音）和雪村心夜（内田雄马 配音）是在这里工作的两名研究生。某日，让心夜没有想到的是，自己竟然收到了菖蒲的告白。所为万事以科学为上的理科研究生，对于爱情自然也要用符合逻辑的证据去证伪，为了证明菖蒲对自己的爱确有其事有迹可循，心夜带领着整个实验室开始了对爱的实验。每天都像佣人一样被使唤来使唤去的解说员奏言叶（原奈津子 配音）、性格反复无常，过于以自我为中心的棘田惠那（大森日雅 配音）、表面看来是个不良少年，实际上却是个死宅的犬饲虎辅（福岛润 配音），陪着菖蒲和心夜进行爱情实验的是这些可爱的研究员们。
迷你特工队的战士福乐失忆后来到了名为丛林岛的地方。在这里，他和超威战队的伙伴们并肩作战，对抗利用黑暗能量精灵占领丛林岛的火花军团坏蛋们，开启了守护正义的新征程！在丛林岛生活的超威战士们面对火花军团的侵占，敢于团结反抗邪恶的无畏行为，真切地传达着善良正直的力量。同时，福乐与新朋友一起进步成长为优秀的战士，也在教导小朋友们要真诚友善地与人 相处，用积极向上的态度面对新环境、新挑战......不仅如此，《迷你特工队超威能量》通过动画中绿色能量和城市环境的好坏紧密相连的设定，向小朋友们生动地阐述了保护生态环境是 与个人息息相关，要树立正确的环保意识，为大自然贡献属于自己的绿色能量。
林亦意外得到选择系统，本以为会一飞冲天，谁知系统绑定出错，于是他不得不开启了一种另类的修炼模式。因为选择系统的特殊原因，林亦必须时刻面临得到与舍弃的抉择，并且在真挚的友情、爱情、亲情，和实力的快速提升之间做出正确的选择
