水族箱里诞生了4条小鱼，其中包括哈罗德的女儿伊莎贝尔。伊莎贝尔的身上长着不好看的斑点还缺失了一些鳞片，她的长相遭到鱼群的其他成员嘲笑。鱼群首领瑟斯顿要求哈罗德必须把伊莎贝尔藏起来否则被人来发现将会把他们丢进大海里。贪玩的伊莎贝尔还是被人类发现了，她和哈罗德一起被丢进浩瀚无边的大海里。海上突如其来的巨大风浪使得水族箱里的鱼都掉进大海,一时之间，伊莎贝尔和哈罗德失散了。伊莎贝尔偶遇了艾普尔并结识了一群长相奇特的鱼，它们皆因外在缺陷被同族排挤。在艾普尔的带领下，伊莎贝尔和其它鱼准备穿越火山抵达珊瑚礁寻找哈罗德。另一边，哈罗德在海黄瓜卡尔的陪同下找寻女儿未果，伤心欲绝，随鱼群离去。成功穿越火山的伊莎贝尔在珊瑚礁与哈罗德相遇，而珊瑚礁女王的出现更令父女惊喜，原来女王竟是伊莎贝尔的妈妈。一家人欢聚在一起。
一场隆重的超人比赛正在星星球红红火火的进行着，各路超人汇聚于此，处处呈现出一片欢乐的汪洋。开心超人（刘红韵 配音）、甜心超人（邓玉婷 配音）、花心超人（严彦子 配音）等一行人亦来到此处，投身于这快乐的海洋之中，如此热闹的地方，自然也少不了调皮捣蛋惹麻烦的大大怪（高全胜 配音）和小小怪（严彦子 配音）。让大家都没有想到的是，一场意外让除了开心超人、大大怪和张郎（祖丽晴 配音）以外的所有人都消失了，为了寻找下落不明的朋友，众人踏上了冒险的旅途，在前路上等待着他们的，除了接踵而至的困难和麻烦外，还有一群古灵精怪的迷你超人。
凯特、汉弗莱和他们的三只幼崽被迫搬迁巢穴后，他们发现了一只名叫艾米的友善迅猛龙。艾米在一次大型挖掘工程中被掩埋，却奇迹般地复活了。幼崽们和森林里的朋友们向艾米展示了新世界的奇妙之处，他们必须齐心协力，阻止挖掘者在为时已晚之前挖出霸王龙的危险。
上一部中，熊猫阿宝（杰克·布莱克 Jack Black 配音）功成名就，成为名震四方的神龙大侠。平日里他随同师傅（达斯汀·霍夫曼 Dustin Hoffman 配音）以及盖世五侠：悍娇虎 （安吉丽娜·朱莉 Angelina Jolie 配音）、猴王（成龙 Jackie Chan 配音）、快螳螂（塞斯·罗根 Seth Rogen 配音）、俏小龙（刘玉玲 Lucy Liu 配音）、灵鹤（大卫·克罗斯 David Cross 配音）在和平谷修炼，生活悠哉游哉。这一日，一伙恶徒闯入山谷抢夺金属材料，在与他们交手中阿宝意外产生幻觉，由此对自己的身世感到疑惑。
知名建筑设计师森谷帝二这日邀请新一参加在他府上举办的茶会，柯南只得电话拜托小兰。柯南、小兰及毛利小五郎三人未入森府，已被绝对对称的宏伟建筑吸引。衣香鬓影的茶会上，森谷帝二令人诧异地大声攻击年轻设计师，讲建筑的美学准则要被他们破坏殆尽。柯南在规定时间内将他出给众宾客的难题破解，被获准和小兰一起参观陈有他设计图的展览馆，交谈中，他感慨30多岁初成名时的作品不够对称称不上完美，并从小兰口中打探到她要与新一在米花大楼约会为新一庆生的诸多细节。不久，柯南连接数通向新一挑战的电话，对方均告知他已在某地放置会在某时爆炸的炸弹，柯南将危机一一化解后，开始与警方、毛利一起分析到底是何人所为。电视报道其中最为轰动的爆炸案时，柯南由画面联想到所有炸弹放置的地点附近均有森谷帝二自认不完美的作品，心中一惊。众人拜访森谷帝二时，柯南暗中将他的宅邸查看，找出凶犯正是他的证据，原来他是狂热的完美主义者，想亲手毁掉年轻时因妥协设计出的不绝对对称作品，并借机报复没令他的宏伟设计夙愿在西多摩市达成的新一。被抓一刻，森谷帝二的冷笑令柯南醒悟：米花大楼亦是他不完美的作品，小兰正在那里等新一赴约。
光头强是一名普通程序员，却常梦见陌生的森林和两头狗熊。直到他跟上司出访大客户，终于想起：他原是森林的小导游，偶然得到一次重新选择人生的机会。为了挽救旧时间线里的熊大熊二，光头强开始一场奇妙的时空冒险。
在《致所有我爱过的人》中，故事是在与母亲住在一起的高中生高崎历被她的同学泷川和夫接近时展开的。她自称从第85个平行世界穿越过来，并告诉他，在那个世界里两人是恋人。
