《海底小纵队 第十一季》继续带领小朋友开启冒险。队员们深入海底、穿越丛林、探索极地，救助各类动物。在北极应对雷暴，助丽色凤头燕鸥回归；护草原犬鼠、熊猫等动物，处理海鼻涕、森林大火等问题；还探索洞穴、见证物种迁徙，传递环保、合作与勇气的理念，强化生态保护意识。
作品主角是不太会拿捏与他人之间距离、身材娇小的阿波连同学，以及目标是「交到一百个朋友」、坐在阿波连同学邻座的来堂同学。两人之间的距离以掉在地上的橡皮擦为契机而急速接近，一场青春恋爱喜剧便由此开始。
