广濑夏子高中毕业后成为了一名原画师，迅速展现出自己的才华，并很快以导演身份出道。首次导演的作品成了社会现象般的大作，广受好评。夏子被评价为新锐天才导演，并决定下一部作品是以初恋为主题的剧场恋爱喜剧。然而，从未体验过恋爱的夏子对初恋毫无概念，因而无法创作分镜，电影制作也陷入僵局。某天在绘制分镜时，夏子突然失去了意识，当她醒来时，发现自己已经身处于小时候沉迷的动画电影《灭亡物语》的世界之中。
魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
