故事主要讲述了就读于圣克罗尼亚学园高中部的溷血儿羽濑川小鹰，在某一天看到了美少女三日月夜空一个人愉悦地说着话，之后两人便开始聊起关于如何交朋友的话题。而没想到夜空建立了一个以交朋友为目的问题社团──邻人部，各种问题美少女先后申请入社。就这样这部残念系青春恋爱喜剧拉开帷幕了……
未来的地球被置于“清洁地球政策”之下，寻求将人口、环境、污染等问题转移到地球之外的出路。随着火星和月球成为工业废料和罪犯流放地，在月球上组织军队的戈德海德博士研制出名为“黑熊”的量产战斗机器人，开始反抗地球。战斗的余波传到了由布鲁海姆博士和西尔维斯特将军指挥的地球联邦军物质传送系统试验场，一枚导弹撞上了实验设备。此次冲击导致电脑爱好者少年香取圭为竞技网游所制作的战斗机器人的数据与地球联邦的计算机混合，而圭编写的程序“Rezarion”通过物质传送装置的力量实体化。由于这些事件，他卷入了一场保护地球的战斗。
该季讲述了，拥有“武神躯”的少年镇魂将一一曹焱兵为寻父母下落，与少女夏铃、北落师门等队友，闯入灵域禁地芦花古楼，并与守卫者“风花雪月”四王展开激烈交锋的冒险故事。
玄都山掌教沈峤一心避世，却无意中卷入江湖纷争，身中奇毒，坠下山崖双目失明，被浣月宗主晏无师救起后，随晏无师游历江湖，逐渐找回失去的记忆，揭开了隐藏在纷繁芜杂事件中的大阴谋。一本武林秘籍的出现搅乱了武林平和的假象，看主人公是否能看破全局修得剑心。
