克隆人突击队99号小组再度出动！最后一战，为惊险的银河系旅程划上句号。
千年宗门大劫，小师妹被护佑沉睡，醒来已成宗门老祖。昔日盛极一时的宗门虽已没落，但她自带上古灵韵：寻常补血丸成仙品丹药，沐浴之水可化凡为灵。大师兄抓住机缘，以灵液兴门、以智慧破局，立志重振宗门荣光。且看沉睡归来的宗门老祖，与热血师兄一同逆袭，让没落宗门再度威震四方。
在防卫队长官·四之宫功的判断下，日比野卡夫卡逃过了被做成武器的命运，但依然处于被关押状态。在第三部队的新人们接到调动命令，纷纷赶赴各自要去往的新部队时，率领第一部队的最强者·鸣海弦出现在了卡夫卡面前。鸣海表示不需要作为队员的卡夫卡，为了让他认可自己，卡夫卡必须直面“怪兽8号”那过于强大的力量。但与此同时，“怪兽9号”的威胁也在暗中逼近…
