故事发生在私立学院的解谜部之中，井藤野乃叶（清水香里 配音）是解谜部的创始人，解谜部以解开世界各地难解之谜，参加全国高中生解密选手赛为目标活跃在校园之中。
自称宇宙第一天才科学家的达撒恩博士将来自宇宙不同星球的四名青年米娅、罗伦、佩和兰巴改造成为了拥有超能力的最强战士，并准备将他们卖给宇宙海盗巴卡集团。然而四人中的米娅·艾莉斯却恢复了失去记忆，受她的影响，其他三人也先后恢复了记忆。由于厌恶巴卡的所作所为，四人驾驶达撒恩博士开发的最强机器人弹劾凰逃离了巴卡集团首领卡里莫斯大船长的魔掌。之后四人为了逃避巴卡集团的追击而在宇宙中四处漂泊……
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《来自新世界》改编自贵志祐介所著的科幻类小说作品。1000年后的日本，孩子们不断地消失，只存在想象中的恐怖动物与人类展开殊死战争。反乌托邦式的未来超级社会“新世界”，是口吐真言凭藉“咒力”就能移动物体的人类，与有著等同于普通人智力的生物“妖鼠”共存的世界。乍看之下一切和平，但“新世界”的孩子们的行动被彻底地控制和管束著，不合适的记忆被消去，被认为有问题的孩子，如同不良产品般被分开处理。得到被称为“咒力”的特殊能力的人们在“八丁标”的结界中促成一个小小的团体，无论是思想还是对外界的认知，记忆、爱、甚至生命的支配都被统治着。在这其中，渡辺早季、朝比奈覚、秋月真理亜、伊东守、青沼瞬五位少年和少女们，为了守护日益衰弱的世界和同伴，投身到了各种各样的冒险的旅程中......
