在与查希尔一战后，三年间科拉缓慢地从当时所造成的严重伤害中复原并开始独自在世界各地旅行，企图找回与光之灵拉瓦的连结，但一直无法逃离内心恐惧的阴影。另一方面，曾担任素音保安队队长的库维拉偕同一批效忠于她的御金师整合了支离破碎的土强国，并拒绝将权力归还愚蠢的王位继承人：吴太子，她宣布即刻建立“土之帝国”。 在库维拉强硬攻占了兆服之后，她的下一个目标指向了共和城。科拉必须设法找回自己与拉瓦的连结，并阻止库维拉的野心。
这是一个跨越千年的故事。以表演人偶为生的青年国崎往人（小野大辅 配音）行走到了一个海边的小镇。四处游走的往人一直在寻找着“空中的少女”，这是往人的母亲逝世前曾一直对他说的话。原来流传着这样一个故事。有着翅膀的女孩被视为不幸的象征，终日被关在不见光的房间里，直到遇到那个命定的少年。二人就这样相爱了，但这恋情是不被允许的。于是女孩受到诅咒，陷入了轮回之中。往人在小镇里邂逅了少女神尾观铃（川上伦子 配音）。体弱多病的观铃和传说中的女孩极其相似。而他们的相遇如同千年前的那个传说，轮回的齿轮又开始了不休的运作…… 本片根据Key社著名的同名游戏改编，还有同名剧场版动画。
