此番的新故事以马林梵多的顶上战争结束后为原点，描绘了失去艾斯并与同伴们分离的岁月里，主人公路飞在鲁斯卡纳岛上修行习得霸气的故事，而西鲁巴兹·雷利、波雅·汉库克、巴基、佩罗娜等角色也将登场亮相。此外，剧中还会出现由尾田新绘制的敌人——恶魔果实持有者班迪·沃尔德。
正值万圣节之际，东京涉谷热闹非凡。涉谷HIKARIE大厦里正在举办一场婚礼，身着婚纱的便是——警视厅的佐藤警官。当柯南等宾客都在见证这场婚礼的时候，突如其来的暴徒向佐藤扑去！高木为了保护佐藤而受伤，好在性命无忧。可这时映入佐藤眼里的，是三年前爆炸事件松田阵平殉职时出现的死神的幻影，这一次出现在了高木的身上。
一年一度的家长开放日，小朋友们的爸爸交替登台，展示自己的专业技能。大头儿子和围裙妈妈早早就来到会场，等待小头爸爸的精彩展示。但是身为科学家的小头爸爸彻夜编程，睡眠不足，虽然在最后一刻匆忙赶来，但是他关于AI系统的高深演示把所有人都讲得昏昏欲睡。当晚是大头儿子的生日，谁知小头爸爸手忙脚乱，把一切都搞砸了。这个糟糕的夜晚，父子俩都经历了最难熬的时刻。大头儿子无意中搞乱了爸爸设计的程序，而他随后被带入一个虚拟世界。在那里有一个堪称毫无缺点的完美爸爸。
故事始于2046年，为了追捕侵袭火星的外星人多鲁米斯星人，宇宙探索舰Lysithea号在各地挑选先发人员，初中生美加子（武藤寿美配）也成为一名宇宙员。开始了辗转于火星、太空基地、木星、冥王星等各地的演习。美加子离开地球后，她的同班同学小昇（铃木千寻配）仍然能收到来自宇 宙的问候——美加子时常发来短信告知近况，只是随着距离的扩大，短信送达地球的时间就会越来越长。“有一天一定能再见面吧！”对方都这么想着。可是，美加子终于杳无音信了。8年后，小昇在报纸上读到了8年前宇宙军和多鲁米斯星人恶战且几乎无人生还的新闻。此时手机突然响了：“24岁的小昇你好，我是15岁的美加子哦！……”手机屏幕上映出这样的话来。
小男孩马基（麦克斯·雷诺丹 Max Renaudin 配音）一家人被猎人绑架，当作了奴隶准备贩卖到法国。马基趁着猎人熟睡之机，偷偷挣脱了手铐，开始了逃亡。路上遇到了长颈鹿“扎拉法”（黛博拉·弗朗索瓦 Déborah François 配音），不幸的是猎人沿着脚印追了上来，将“扎拉法”的母亲杀害了，马基答应“扎拉法”的母亲一定会照顾好他。危急关头沙漠王子汉森（西蒙·阿布卡瑞安 Simon Abkarian 配音）挺身而出，猎人被赶走了，汉森牵着“扎拉法”准备回自己的王国，马基信守诺言一直跟着汉森。回到王国后，汉森奉命将“扎拉法”带到法国，献给法国国王，请求他们出兵援助他们。他们从港口乘着热气球出发，经过阿尔卑斯和马赛达到巴黎，一路上艰难坎坷，马基能带“扎拉法”回非洲吗，法国国王是否会出兵援救呢……
故事发生在美丽的青藏高原，人迹罕至的雪域冰川是动物们唯一赖以生存的家园。呶噜是一只刚刚出生没多久的藏羚羊，跟随着母亲的脚步，它们正在进行一年一度的繁殖之旅，即将回到家乡。然而，就在这个节骨眼上，邪恶的偷猎者们出现了，在他们的追捕之下，呶噜的母亲不幸跌落山崖，幸运的是呶噜逃过一劫。 在万里无垠的广袤大地之上，寒冬即将来临，呶噜孤身一人，不知该何去何从。兔鼠卡拉和百灵西达的出现给呶噜带来了希望，在它们的陪伴之下，呶噜开始学习起了生存必要的技能。冬天过去了，呶噜的头上长出了稚嫩的羚羊角，它决心凭借自己的力量，返回家园。
美国南北战争结束后，大炮俱乐部里聚集一批退伍炮兵，整天无所事事。俱乐部主席巴比康提出要铸造一台能将炮弹送到月球上去的大炮。法国施行家阿当自顾乘炮弹登月探险。几经周折，他们终于登上月球，并安全返回地球。通过这番经历，他们希望大炮这种杀人武器永远成为历史陈迹，让科学技术为人类和平与发展服务。
繁华到都市一隅，居住着一户普通三口之家。大头儿子（刘纯燕 配音）、小头爸爸（董浩 配音）和围裙妈妈（鞠萍 配音）。大头儿子天真烂漫，调皮可爱，正上幼儿园的他时刻希望像宇航员那样一飞冲天，遨游宇宙。不过他的梦想却不被父母所理解，爸爸满嘴敷衍，让他去太空打怪兽。妈妈则奇怪他为什么想跑那么远，是不是不喜欢妈妈做的饭。大头儿子暗暗定下秘密计划，一定要成为出色的宇航员。当然爸爸妈妈也有各自的秘密。身为工程师的小头爸爸正和网友筹钱，准备为山区的孩子修建一座桥。围裙妈妈看似忙于家务，却也有着所谓的“彩虹计划”。 有爱的一家人，各自并且共同朝着心中的梦想而努力
浮于日本一隅的和平宁静的龙宫岛——一座与日本本土隔绝的孤岛人们长年过着和平、安静的日子。“你……在那里……吗？”有一天，一个遥远魑魅的声音传来，紧接着美丽而又不祥的生命体fostom从苍穹之间袭来。其实早在29年前，龙宫岛乃至日本就已不存在于地球的版图之上，这一切的谜团随着危险生物Festom的到来逐渐展开。一切的伪装被卸下，战火开始燃烧，这里将不再平静……龙宫岛上的少年真壁一骑在Fafner驾驶员丧生的情况下，无奈的踏上了驾驶巨人Fafner保护这块乐园的旅途。是坚决保护最后的乐园？还是懦弱的逃避现实？ 一骑紧握好友总士的手，开始了不知终点的战斗之路……
