里见孝太郎（中村悠一 配音）是一位看似再普通不过的高中生，居住在房租极为廉价的可乐娜庄公寓106号房间，过着平静的生活。令孝太郎再也没有想到的是，在某一天，他波澜不惊的生活会因为一位少女的出现而彻底遭到改变。少女名叫东本愿早苗（铃木惠理 配音），她的真实身份竟然是寄宿在106号房间的幽灵，在企图吓跑孝太郎的计划失败后，早苗开始渐渐习惯起了和孝太郎“同居”的生活。想和孝太郎争夺房间的可不止早苗一个，身材火爆的古文明末裔仓野奇莉华（田泽茉纯 配音）、不期而至的魔法少女虹野由莉佳（大森日雅 配音）、从外太空远道而来的皇女提亚蜜思林（长绳麻理亚 配音），这些接二连三出现的美少女们，每一个人都将106号房间作为了侵略的目标。为了保护自己赖以生存的廉价租房，孝太郎的“战争”开始了。
小咖带领神奇的咖宝伙伴再次出发，一起守护时空。在这一季中，来自宇宙的外星人们带来全新的危机与挑战，它们偷走红色制造城市大乱、吸收海水严重影响生态、抢夺动物危害自然生命，还为了得到黄金而夺走人类的各种资源，甚至还与捣蛋兄妹结盟四处作乱，小咖和咖宝们每一次都果断出击，化解各种危机，他们又回到过去拯救远古生命、维护时空稳定，对付偷猎者、盗窃集团、诈骗分子和黑心商人，以及守护人们、动物们的安全和快乐，时刻保卫身边世界的和平与安宁。
