本季讲述了赛尔号在得到无尽能源后，踏上回地球的归途完成使命；不料却因为遇到三巨头的阻碍，失控的赛尔号意外误入了传说中恐怖的巴斯星。在危机四伏的巴斯星上，挥之不去的阴霾，述说着龙族的往事，精灵帕罗狄亚以及哈莫雷特的种种恩怨……不过所有人努力下，帕罗狄亚与哈莫雷特这对好友最后得以重归于好。战神联盟全新集结加入新成员缪斯。当赛尔号抵达恶魔星后，得知星灵王为守护恶魔星牺牲，恶灵三巨头却将恶灵兽再次放出，为此星际探险员赛小息、阿铁打、卡璐璐踏上冒险征程，与冰火星球守护神协助小优守护恶魔星！最终，凭借小优觉醒，与米瑞斯大战恶灵兽超进化邪冥兽，最终与无尽能源为代价化解恶魔星危机！同时在魔神星上，从被净化艾里克口中得知另一颗无尽能源去向。
在防卫队长官·四之宫功的判断下，日比野卡夫卡逃过了被做成武器的命运，但依然处于被关押状态。在第三部队的新人们接到调动命令，纷纷赶赴各自要去往的新部队时，率领第一部队的最强者·鸣海弦出现在了卡夫卡面前。鸣海表示不需要作为队员的卡夫卡，为了让他认可自己，卡夫卡必须直面“怪兽8号”那过于强大的力量。但与此同时，“怪兽9号”的威胁也在暗中逼近…
