皇缠（诹访彩花 配音）是一名平凡的初中二年级女生，从小就离开了父母，和祖父母过着相依为命的生活，皇缠因此格外渴望亲情，也渴望着看似一成不变但实际上充满了小确幸的平静生活。草薙由麻（大空直美 配音）是皇缠的好友，同时也是身上流淌着巫女血脉的巫女候补，肩上背负着沉重的责任。某一日，两人在前往神社的路上遭遇了一连串的意外，一个行踪诡异的男人成为了危害小镇宁静的不安定因素，为了压制疯狂的男人，由麻进行了“神悬仪式”，然而，让所有人都没有想到的是，被神明附身而拥有了能够降妖除魔的能力的人，却是皇缠。
故事的地点发生在这个整年都会不可思议地开着樱花而出名的新月型岛--初音岛。梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入风见学园，继续过着校园生活。他的口头禅“好困”消失了，变成了勤勉努力，热衷体育的开朗青年。此时，他的两个妹妹，两年前离去的朝仓音梦..
在很久以前,大地有一棵名为世界树的圣树,魔王札特为了得到世界树的力量.而不择手段,当时世界上的人民. 包括战士村的怪物.魔法森林的怪物,弓手村的怪物,以及后来因为战争而成了废弃都市的盗贼村.以及人类村的5条村的 人民奋勇作战,可惜,战斗途中,世界树选择了自毁重生,自毁后,把种子散步在世界各地,因为圣树世界树是这个世界的支柱.所以一旦毁灭掉的话就很麻烦,在战斗中途因为发生了意外,人类村的村民被其他村的村民误解,被排挤.说世界树的自毁是人类造成的,这只是故事的开端。 过了10年后...5条村分别由怪物和人类分开管理,因为种族的分歧,而不断修炼,祈求得到世界树种子的神秘力量统治枫之谷,札特军团死心不惜,也加入抢夺行列,主角阿鲁,是曾经参加保护世界树人类英雄的儿子,也因为他的心,也因为札特军团的各种手段,4条村终于和解了。
寿宴过后，李饼接受了女皇安排的秘密任务，藏身胡肆，随后带着陈拾暗中查探丘神纪曾经在博州所作所为，主仆二人踏上了前往博州的征途。曾经的挚友为何会变成这样，是李饼一直想要解开的迷。李饼将博州的惨状上报女皇，本以为真相大白不料峰回路转，李饼该何去何从？
藤沼悟（满岛真之介 配音）拥有着能够回到过去的特异功能，母亲佐知子（高山南 配音）被害，曾经信赖的朋友白鸟润（水岛大宙 配音）即将作为儿童连续杀人案的真凶被处以死刑，在这个节骨眼上，悟忽然回到了1988年，回到了当时就读的小学。
地球灵气复苏，强者崛起，少年林天却因爱人背叛惨死，连挚友也受牵连含恨而亡。临死前，他觉醒神秘灵气系统，意外重生到灵气复苏前夕。怀揣前世的痛苦与仇恨，林天誓要改写命运，守护挚爱，踏碎仇敌！踏上巅峰！
小咖带领神奇的咖宝伙伴再次出发，一起守护时空。在这一季中，来自宇宙的外星人们带来全新的危机与挑战，它们偷走红色制造城市大乱、吸收海水严重影响生态、抢夺动物危害自然生命，还为了得到黄金而夺走人类的各种资源，甚至还与捣蛋兄妹结盟四处作乱，小咖和咖宝们每一次都果断出击，化解各种危机，他们又回到过去拯救远古生命、维护时空稳定，对付偷猎者、盗窃集团、诈骗分子和黑心商人，以及守护人们、动物们的安全和快乐，时刻保卫身边世界的和平与安宁。
花季少女表白温柔女前辈，谁曾想前辈竟然是男生！？
