十六年前，日本通过了《公序良俗健全育成法》，从此往后，一切和“性”相关的信息和字眼就此从世界上彻底消失，公民素质因此而大大提高，整个国家变得无比健康清新。时冈学园是以风纪严明闻名全国的名校，而平凡的高中生奥间狸吉（小林裕介 配音）即将在这里展开全新的校园生活。
这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
