江戸時代、将軍・徳川吉宗の命により設置された目安箱に寄せられた庶民の声を受けて、「新中町奉行所」通称「蟲奉行所」が新設される。その役目は江戸に跋扈する巨大蟲を駆除すること。新米同心の月島仁兵衛は巨大蟲から江戸を守るため、先輩の同心達と共に戦うこととなる。
来自于地狱的邪恶之气侵入了荒蛮世界的生物啊啊啊，在一切万物被毁灭之前，一位神圣的猎人向邪恶势力射出了愤怒的子弹啊啊啊，但却更加激发了邪恶力量！这种势不可挡的邪恶力量侵蚀在荒蛮世界的生物体内并逐渐孕育成无坚不摧的魔鬼啊啊啊，当魔鬼遇见了抵抗却反而变得更加强大！人类遇到了来自魔鬼的毁灭力量， 这种毁灭力量汇聚在荒蛮帝国的神熊体内，燃烧在神熊体内的复仇之火在文明崩塌之前得以爆发！勇敢的莫日根猎人在生命最后一刻向魔鬼射出了最后一根神箭啊啊啊……
延续前两季温暖、轻松、愉快的故事风格，本季全新加入有趣的动植物科普知识。熊熊帮帮团尝试各种办法，帮助解决小朋友们因动植物的某些特性导致的困难和烦恼，不仅带领大家认识奇特的大自然，也在探寻自然中收获了成长。
