在微光原野的晨光城，鬼点子林小宇、细心的沈遇和力大无穷的陆一，偶然发现一颗发光种子长成通往奇境世界的大树，并获得勇气护符。他们收到求助信，从害怕到勇敢接受使命，用智慧与善意化解风滚草团子、回音蘑菇等小麻烦。奇境核心“愿望之泉”因大家的小情绪堵塞，三人意识到需理解与分享，团结所有朋友，以各自特长和真诚之心疏通泉眼。最终，两个世界温暖相连，三人的友谊与勇气成为最坚固的桥梁。
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
