前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
该片延续哈小浪和伙伴们的校园求学时光，在各科老师的悉心陪伴下，他们穿梭于缤纷的校园日常，书写出一段段温暖有趣的校园故事。
你是否想过，在霓虹璀璨的都市之下，潜藏着来自古老神话的怪物？你是否想过，在那高悬于世人头顶的月亮之上，伫立着守望人间的神明？你是否想过，在人潮汹涌的现代城市之中，存在代替神明行走人间的超凡之人？人类统治的社会中，潜伏着无数诡异；在那些无人问津的生命禁区，居住着古老的神明。炽天使米迦勒，冥王哈迪斯，海神波塞冬……而属于大夏的神明，究竟去了何处？在这属于“人”的世界，“神秘”需要被肃清！
聂离通过期末测试成功进入天才班，并得到了肖凝儿的红玉。学期结束时，他回到天痕世家，却遭遇了黑暗公会的来袭。聂离单枪匹马击退了黑暗公会的执事李云华，但在家族会议上却遭到了长老们的刁难。幸运的是，杨欣的出现为聂离解围，使他得以将神圣世家与黑暗公会勾结的秘密告知炼丹师协会。聂离购得梦魇妖壶后，专心炼制妖灵，创造了虎牙熊猫。随后，他参加了神圣世家举办的天才战，并与长老沈冥打赌。虎牙熊猫凭借强大的技能战胜了沈飞、沈宁和沈啸，声名大噪。作为优胜者，聂离正式进入城主府，并与叶紫芸关系更加密切。
