前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
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几只漂亮的彩虹兔是非常要好的朋友，它们经常一起出去玩耍，虽然总是闹出笑话，但每天都过得很开心，宝宝们一起分享这份快乐吧。
斗罗大陆3龙王传说故事结束一万年后，冰化了，斗罗联邦科考队在极北之地科考时发现了一个有着金银双色花纹的蛋，用仪器探察之后，发现里面居然有生命体征，赶忙将其带回研究所进行孵化。蛋孵化出来了，可孵出来的却是一个婴儿，和人类一模一样的婴儿，一个蛋生的孩子。
三年前，勇者西昂·布雷德利用圣剑之力将地狱之门封印，人与恶魔的战斗得以结束。
三十年河东，三十年河西，莫欺少年穷！ 年仅15岁的萧家废物，于此地，立下了誓言，从今以后便一步步走向斗气大陆巅峰！ 经历了一系列的磨练：收异火，寻宝物，炼丹药，斗魂族。 最终成为斗帝，为解开斗帝失踪之谜而前往大千世界....
