“圣战”是女神雅典娜与冥王哈迪斯之间自神话时代以来不断重复的战争。故事发生在 18 世纪，远早于圣斗士星矢的时代，当时星矢与其他雅典娜圣斗士以及哈迪斯之间展开了一场殊死搏斗。上次圣战中天马圣斗士、冥王哈迪斯、女神雅典娜之间的宿命大戏，进入了新的阶段！ 《失落的画布》是哈迪斯创作的一幅覆盖天空的巨幅画作。当它完成时，地球上的所有生命都将消失……守护地球和平的雅典娜圣斗士之一天马，成为了天马圣斗士。为了阻止成为哈迪斯附身的挚友阿洛尼，他离开了雅典娜化身莎夏守护的圣域，前往哈迪斯的城堡。
在宝岛的激战结束后，千空等人平安回到了科学王国。他们用得到的石化装置，成功复活了陷入冷冻睡眠的司，司成为了科学王国的同伴！ 而在确定将人类石化的幕后黑手“怀曼”就在月球的千空等人，准备奔向月球！在这个石纪元，提出了从零制造宇宙飞船的宏伟工程。为了从全世界收集飞船的材料，千空等人迅速乘上珀耳修斯号驶向大海。要制造复活液，他们需要大量的玉米，于是第一个目的地就被设为了美洲大陆。而在结束了考验勇气、团结以及科学力量的大航海后，等待着的，是能动摇他们的威胁—— 千空等人的冒险，终于开始迈向世界，甚至迈向太空。为了拯救人类的未来，千空和同伴们一起，全力开拓科学的道路！
