《命运石之门第二季》主人公冈部伦太郎经历无数的苦难，跨越了尽头悲哀的放弃了挽救“她”的世界线的故事。 失意至底的冈部伦太郎。 被“封印”的“凤凰院凶真”。 担心他的伙伴们。 新登场的角色们。 未被拯救的“她”到底怎么了？ 《STEINS；GATE》中没有登场的新的角色迎来被描绘的“0”的故事。 是的，那里的“她”现在也在——
3022年，蔚蓝星被外星文明入侵，无数的战争机器通过传送站点来到了这里，战争机器疯狂缩小搜索范围，夏执序正在抵抗某种侵蚀......宇宙联邦派遣的队伍——阿尔法-300，同时出现在他的眼前。 “你能想象的魔法或者高等文明科技，其实是存在的。” 陈星瑶说出了这句话，她自称来自宇宙联邦纠察队——用可视化科技面板进行任务沟通，物品收纳，技能使用。 在接二连三的险情中，夏执序发现很多疑点，决定加入阿尔法-300，去变的更强，去探查那个真相。
故事发生在一个风景宁静而又秀丽的小镇上。富户桃子（立花理香 配音）是一个个性活泼开朗，天真可爱的女孩，只是有时候可能过于天真了，天真到有些天然呆的程度。涩泽涩美（岭内知美 配音）是桃子青梅竹马的玩伴，两人在小学时代就认识了。和桃子的热情不同，涩美的个性有些冷淡，但实际上内心里还是非常善良的。古井真由美（久保由利香 配音）是刚刚转来的转校生，特点就是拥有异于常人的粗眉毛，无论是长相还是性格都非常的人畜无害。故事就围绕着这三个女子高中生展开，每一天都日常都因为有彼此相伴而变得格外温馨
当凉香从午睡中醒来时，她收到了母亲发来的一条信息，告诉她永远不要离开公寓。
