前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
在灵气复苏、全民修真的蓝星，李凡尘为替父亲偿还一亿高利贷，被迫进入峨眉女子学院。初入校园，他以未知层级的炼气期修为遭人嘲笑，却意外与南宫珩结下渊源。最终，李凡尘选择留在学院坚守正邪战局，成为峨眉女子学院史上首位大师兄，开启全新修真之路。
