藤原拓海由于不败的战绩，必然会受到新的挑战。《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了赛车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。
自从王陆以灵剑派仙人为目标展开修行已经过了两年的岁月。他被赋予了“降临下界与俗世接触”的试炼，并前往自己出生的故乡。
制作着女儿节娃娃，以成为娃娃工匠为目标的男高中生五条新菜。他专心一志地制作女儿娃娃，却也因此疏离的同世代的流行，迟迟无法融入班级。对这样的新菜来说，总是身处班上团体的中心，大受欢迎的喜多川海梦就像是不同世界的人一样。但就在某天，以意想不到的事情为契机，与海梦拥有了共同的秘密。原以为两人绝对不会有交集的世界开始转动了起来。
