《迷你特工队之超级恐龙力量特别篇》讲述的是迷你特工队和想要侵略地球的汪汪海盗团之间斗智斗勇的故事。由于受到汪汪海盗团头目奇奇的欺瞒，海盗团行动队长波波和其他海盗团成员坚定地想要侵略地球，抢夺地球上的资源。但波波不小心流落在地球上了，并和迷你特工队以及地球上友善的人们展开了一系列的故事，过程中得到地球人的帮助，也感受到了地球人的真诚。最终波波识破了奇奇的阴谋，和迷你特工队一起战胜了奇奇的最强机器人。
架空战国时代的日本被未知生命体“鬼神”统治已有150年，唯有“武士团”反抗其统治，一直不懈抗争。武藏和小次郎也曾向往着武士，发誓有朝一日结成最强的武士团。可是，他们所生活的城镇却将鬼神奉为神明，将武士视为异端。武藏只能将梦想藏在心中，直到有一天，他遭遇了人类被鬼残忍杀害的一幕。为了重拾与小次郎的誓言，武藏向强大的鬼发起了挑战…！
世界大战后，一群突然现身的妖怪帮助日本复兴，他们由此站在了权力顶端。妖怪们偶尔会在人类里挑选“新娘”，被选上的人会获得无上的荣耀，只因妖怪一辈子只认定一个人。柚子的妹妹作为狐妖的新娘，在家受尽宠爱，柚子本人却因此饱受家人的欺凌。忍无可忍的柚子离家出走，没想到路上遇到一位强大的鬼，告诉她你是我的新娘。
