故事讲述了平凡的11 岁小学生李小雨原本是班里的小透明，直到在故宫意外捡到一只神奇的宝石耳环，她的生活彻底发生了改变。在宝石耳环的引导下，小雨闯入了隐藏在故宫里的神兽世界。平日作为雕像待在屋檐上、栏杆上、壁画上的神兽、仙人、精怪，全都在这个隐形的繁华世界里活了起来。从此，每到日月交替之时，小雨就会去神兽世界报道，作为被宝石选中的守护者，她会帮助神兽们解决各种问题。在那里，李小雨不仅结识了很多神兽朋友，还发现了一个仙语者少年杨永乐，而他竟然是自己班里的怪咖转校生。在杨永乐的帮助下，小雨发现了更多神兽世界的秘密，也被卷入了神兽世界的一场危机之中。为了拯救神兽世界，找出最终答案，小雨和怪咖同学杨永乐，以及少年龙子吻兽结为伙伴，开启了一场沉浸于传统文化的奇幻冒险之旅。
延续前两季温暖、轻松、愉快的故事风格，本季全新加入有趣的动植物科普知识。熊熊帮帮团尝试各种办法，帮助解决小朋友们因动植物的某些特性导致的困难和烦恼，不仅带领大家认识奇特的大自然，也在探寻自然中收获了成长。
伯伦希尔魔法学院的教授永乐在图书馆偶遇了一只叫灰羽的精灵，得知精灵都是有愿望未完成才会留在世间，永乐决定帮灰羽完达成愿望。因为灰羽喜欢听永乐读书，永乐便经常与灰羽挑灯夜读，灰羽也一直听得兴致盎然，一人一精灵相处好不融洽。可没想到当永乐帮助灰羽实体化之后，灰羽竟然性情大变，为了让灰羽不再继续黑化，永乐不得不让灰羽消失在世间……
