本剧讲述超级飞侠继续从全新的超级空间站出发，升级为电能超级飞侠，前往世界各地旅行，在旅行过程中邂逅世界各地的小朋友，并用升级电力技能帮助小朋友们解决种种困难和问题的故事。如在哈尔滨冰雪节，他们用高超的电能技能阻止了金小子、金小薇造成的冰雕骚乱；在澳大利亚的伍伦贡，他们通过时空旅行穿梭到恐龙时代，和翼手龙宝宝一起练习飞行；尽管困难不断，但电能超级飞侠会用炫酷的新技能、新装备，继续圆满地解决问题。
故事发生在彩玉大学的理科研究室内，冰室菖蒲（雨宫天 配音）和雪村心夜（内田雄马 配音）是在这里工作的两名研究生。某日，让心夜没有想到的是，自己竟然收到了菖蒲的告白。所为万事以科学为上的理科研究生，对于爱情自然也要用符合逻辑的证据去证伪，为了证明菖蒲对自己的爱确有其事有迹可循，心夜带领着整个实验室开始了对爱的实验。每天都像佣人一样被使唤来使唤去的解说员奏言叶（原奈津子 配音）、性格反复无常，过于以自我为中心的棘田惠那（大森日雅 配音）、表面看来是个不良少年，实际上却是个死宅的犬饲虎辅（福岛润 配音），陪着菖蒲和心夜进行爱情实验的是这些可爱的研究员们。
飞行员吉斯、斯万和他们的伙伴们效力于银河星系联盟，他们分别驾驶黑、赤、青、黄、绿五头机器狮，五狮合体后能成为巨大机器人“百兽王”，用光芒神剑一次次击败魔王扎克的进攻，他们还来到阿拉斯星球，和阿劳拉公主一起，打击邪恶，捍卫正义
桃夭带着小和尚磨牙、第一季收服的小狐妖、桃都老邻居柳公子一起，为了寻找失踪的百妖谱而云游四方。在途中遇到应声、化蛇、媪姬、照海四个妖怪，为妖怪治疗各种疑难杂症。
