第六季中，故事始终以两条叙事线索展开。其中一条，他们在岛上。另外一条，他们也坐过那班飞机，但飞机没有出事，因此每个人都在岛外过着完全不同的生活。戴斯蒙发现两个世界之间的连接点，他于是一个个地去找那些曾经同机的人，用各种极端的方式让他们“回忆”起在岛上那段其实他们并没有经历过的日子。很多从不相识的人因此走到了一起，相爱，幸福地生活在一起。而在岛上，他们早就因种种缘由失去了彼此。最后，杰克在父亲的葬礼上见到这些同伴们幸福的笑脸，他也笑了。一直以来在宿命和责任中挣扎的杰克，在“醒”来的那一刻，真正解脱了。
1937年，野心勃勃的日本帝国主义蠢蠢欲动，蓄谋发动侵华战争。为了确保侵略行径顺利进行，日方通过秘密设立的特务机构从事各种情报搜集和破坏活动。在此过程中，蓝衣社也中了日方的诡计，情报站遭到炸弹袭击。担任情报站顾问的农初民（刘交心 饰）找到文武双全却挥金如土、醉生梦死的公子哥傅约翰（陈冠霖 饰），说服他参加盗取日本特务机关密钥的九耳犬计划。以此为契机，一心享受人生的约翰和共产党建立了联系，而这个风流倜傥、玩世不恭的公子哥将在连番钩心斗角、枪林弹雨的凶险斗争中，成长为一名足以担当起家国重任的义勇男儿…
入世纪末叶，京城之内出现了一群武艺高强且极富正义感的侠客，专门惩治武林败类，义除赃官，抚弱济贫，人称“京城镖局”，为首的就是闻名遐尔的大刀王五，他们不仅除恶扬善还投身救国。戊戌变法失败后，兄弟们齐心协办，深入牢营解救谭嗣同出狱，但谭嗣同仍以忠君为本，谢绝了镖局兄弟一片侠情义胆，慨然就义，王五等人只好洒泪告别。随后他们又开始了暗杀窃国大盗袁世凯的计划……
