小伙伴们对暖羊羊父母的相识经历充满好奇，便一同前往过去探寻真相，竟意外发现了一个不能说的秘密。知道真相后，他们邀请兽兽来到青青草原，共同举办了一场欢乐的聚会。
灵动兄弟梦想成为世界最强陀螺高手，为此兄弟俩齐心协力修炼竞技、相互取长补短，帮助彼此提升实力，并积极参加各大陀螺竞赛，与来自世界各地的陀螺高手一决高下。面对重重困难，兄弟俩能否...
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
