前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
萧炎初入中州奇遇不断，实力一路高进。为寻找药老昔日挚友风闲，萧炎独闯四方阁大会脱颖而出震惊全场，风闲许诺定会全力协助萧炎营救药老。冰河谷垂涎厄难毒体疯狂追捕小医仙，萧炎怒歼对手双方结下不解之仇。 冰河谷怀恨在心勾结魂殿大肆围攻萧炎，危急关头萧薰儿破空现身强势出手，携古族之威雷霆退敌，两人互诉衷肠后不舍暂别。丹会如期召开，萧炎力压一众竞争者荣获冠军。不料丹塔异宝三千焱炎火意外失控，萧炎力挽狂澜挫败魂殿计划，惊险降服火灵再添一大助力。药老被魂殿暗中转移至亡魂山分殿囚禁，萧炎不惧强敌立即集结人马抢攻，数轮恶斗后终于成功救出药老，师徒再度相聚但萧炎却付出巨大代价仅存一线生机。
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身为第一宗门的少主，顾昀隐瞒身份，暗中帮助道侣重振宗门。谁知宗门崛起，道侣却要休夫。彻底抛却这段感情后，顾昀不再隐瞒身份，决心潜心修炼，问鼎仙途。时运、资源与天赋，顾昀三者皆有。修仙难？对顾昀来说，不过尔尔。
随着武魂融合技的锋芒消散，切磋赛最终以唐舞麟所带领的一年级组获胜而告一段落。片刻...
