实验室爆炸，现代灵魂意外坠入大秦，附身身陷天牢的长公子扶苏。朝堂之上，始皇震怒，因扶苏力护文脉、顶撞君威，将其囚禁。帝王要肃清六国邪书、稳固新政，并非毁典籍，却遭扶苏误解。嬴政下最后通牒：令扶苏亲督整肃，事成则赦，不从则严惩。
萌宝战警因一个恐龙蛋的到来开启了全新任务。古生物的复活引来了黑暗势力的争夺，在保护小恐龙的过程中，意外发现了其它恐龙蛋以及恐龙DNA的秘密。经改造，萌宝战警分别拥有了自己的机甲恐龙，危机时，与他们并肩作战。而想要夺取恐龙DNA，从而统治宇宙的反派也蠢蠢欲动，一场DNA存储卡的争夺愈演愈烈......
故事发生在名为“昊陵学园”的武术训练学校之中。拥有悲惨过去的九重透流（松冈祯丞 配音）带着满心的愤怒和抱负来到此处就读，希望能够在这里磨练技艺，变得强大替死去的妹妹报仇。
