里见孝太郎（中村悠一 配音）是一位看似再普通不过的高中生，居住在房租极为廉价的可乐娜庄公寓106号房间，过着平静的生活。令孝太郎再也没有想到的是，在某一天，他波澜不惊的生活会因为一位少女的出现而彻底遭到改变。少女名叫东本愿早苗（铃木惠理 配音），她的真实身份竟然是寄宿在106号房间的幽灵，在企图吓跑孝太郎的计划失败后，早苗开始渐渐习惯起了和孝太郎“同居”的生活。想和孝太郎争夺房间的可不止早苗一个，身材火爆的古文明末裔仓野奇莉华（田泽茉纯 配音）、不期而至的魔法少女虹野由莉佳（大森日雅 配音）、从外太空远道而来的皇女提亚蜜思林（长绳麻理亚 配音），这些接二连三出现的美少女们，每一个人都将106号房间作为了侵略的目标。为了保护自己赖以生存的廉价租房，孝太郎的“战争”开始了。
美乐蒂在玛莉田园开了一间蛋糕店，但自从她在森林里碰见一颗心脏后，周遭就开始接连发生怪事。与此同时，酷洛米开在对面的和菓子店总是生意惨淡，于是她决心弄清楚美乐蒂的蛋糕有什么秘密。美乐蒂和库洛米为了甜点大赛努力准备，要在国际级甜点名厨皮斯塔齐奥面前拿出好表现。不过，没人料得到这场比赛竟会牵扯出攸关玛莉田园命运的大事件。
天才脑科学家白月魁为救恩师霍恩进行了脑移植术，却不想霍恩受到西弗残存意识的影响......琼斯盗取了天使再生剂注射到19号实验体上引起了一系列异变。同一时间，久川市因为瘟疫感染变成了一片人间炼狱，市长白靖宇和人工智能ASH为了抵御联盟的入侵誓死不降，却不想等到一切尘埃落定之时，真正的末日却来临了
《晶码战士》是一部大型科幻动画片连续剧，以“环保”为主题，围绕“历险”、“励志”展开，讲述了四位主人公与他们的晶码兽为了保护地球，与外星球邪恶集团作斗争的故事。
