魔王帝国从沉睡中苏醒，并开始征服地球，继承了古代穆帝国血脉的响尾神明与穆的守护神雷丁合二为一，共同对抗化石兽。
唐门外门弟子唐三，因偷学内门绝学为唐门所不容，跳崖明志时却发现没有死，反而以另外一个身份来到了另一个世界，一个属于武魂的世界，名叫斗罗大陆。这里没有魔法，没有斗气，没有武术，却有神奇的武魂。这里的每个人，在自己六岁的时候，都会在武魂殿中令武魂觉醒。武魂有动物，有植物，有器物，武魂可以辅助人们的日常生活。而其中一些特别出色的武魂却可以用来修炼并进行战斗，这个职业，是斗罗大陆上最为强大也是最荣耀的职业“魂师”。.
被撤职的锦衣卫袁小棠与青梅竹马的方雨亭为寻找父亲失踪的线索潜入鬼街、在朋友石尧山等人的帮助下，一路逛鬼街、破机关、遇各路神秘人物……乱斗与阴谋轮番上演，随着旧事的重提，一切谜团都渐渐有了答案。
曾经修仙界的绝世天才，因为无字天书而被十大天尊合力陷害，意外穿越时空来到了二十岁
有马一花（小坂井祐莉绘 配音）是一名平凡的女子高中生，一天，在地铁站里，她遇见了因为低血糖而差点摔下楼梯的上班族天草亮（丰永利行 配音），善良的一花将自己的便当送给了亮，被一花这一举动深深的感动的里亮瞬间坠入了爱河之中，并且在隔天就对一花展开了热烈的攻势。天草理绪（长谷川玲奈 配音）是一花的同学兼好友，巧合的是，亮竟然就是她的哥哥。从理绪那里，一花得知亮是一个非常轻浮的男人，这无形之中给亮追求一花增加了难度。多丸快（榎木淳弥 配音）一直默默爱慕着一花，在亮这样一个成熟又强大的竞争对手面前，多丸会做出怎样的回击呢？
第二部剧情自力石死后矢吹丈终于东山再起开始，到原作的最后与孟德萨拉之战中，矢吹丈“化为白色的灰烬”结束
