为拯救苍古世界，轩辕小豆与伙伴前往水之国度寻找传承。然而，看似唯美的海底城竟是反派精心编织的致命陷阱。面对重重危机，小豆挺身而出。在深渊的严密封锁下，她带领伙伴们直面生死试炼，开启了一场惊心动魄的海底冒险之旅。
继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
加岛龙斗和好友游玩惩罚游戏输掉后，在认为自己不会成功的想法下，向倾慕的对象白河月爱表白。但月爱意外地接受了表白，且当天就将龙斗带到自己的房间，准备进行性行为，在龙斗的劝说下，月爱决定等到打从心底喜欢龙斗时再做。
