故事由一宗世纪之交的泄密大案而起，扣动两岸局势脉搏的同时，还掩藏着一场境外势力与我方在隐蔽战线上的针锋较量。上世纪九十年代末，闽州市国家安全局一对性格迥异的师徒，因机缘巧合的命运安排，为了共同的使命与信仰并肩作战。他们联手挫败了各种阴谋，也与敌手在横跨二十年的命运长河里不断纠缠。当时间流转，新世纪的潮流剧变席卷而来，国家安全局势攻防易势，隐蔽战线上的较量却不止不休。在一次次关乎人性的考验中，这三人的命运关系因不同抉择，在岁月洗礼中悄然改变着……
菜鸟法医程芷昕（陈晓华饰）几经努力终被调派到恩人林琛（韦家雄饰）手下工作，林琛是法医科内公认最硬核法医，毒舌傲慢兼看不起新人，经常闹爆芷昕。芷昕虽然受尽林琛刁难，却从来没有气馁，更常常表现出独有的法医触觉，先后为「双餸饭碎尸案」及「疑似黑社会仇杀案」找出真相，令林琛开始对她改观…此时重案组警员、有「警界黑仔王」之称的高俊（马贯东饰）被指在追捕犯人期间杀害疑犯，林琛将解剖重任交予芷昕，芷昕不负寄望查出案中有案，令高俊也对其另眼相看…自此，林琛、芷昕、高俊组成铁三角，联手侦破一宗又一宗的迷离凶案。
本剧改编自宫部美雪的小说，讲述了日本桥通町一膳饭店的看板娘阿初从小开朗活泼，但以某事件为契机觉醒了能看见听见一般人看不见听不见的东西的通灵力量，从此与草食系武士学徒古泽右京之介组成凹凸搭档，共同面对并挑战怪异奇谈事件。最先是死去的男人苏醒了，不久后又发生了被认为是死人附身所致的杀人事件。杀人事件和死人附身，忠臣藏和颤动岩，两个谜团剧烈地起伏着，展现出了意想不到的联系…
