《泡泡美人鱼》讲述了三名少女出海游玩时不小心掉入一座神秘古庙中央的水池，被月光照射而变成了美人鱼，从此拥有神奇的魔法，后来她们在朋友的帮助下，凭借勇敢和机智对抗幕后恶势力，保护蓝色海洋环境的故事。
自从连接异次元与当前世界的通道“门”突然出现后已过去十余年，世界上出现了被称为“猎人”的，觉醒了非凡力量的人们。某一天，遭遇了隐藏在低级地下城中的高级双重地下城后，身受重伤濒临死亡的水篠旬面前出现了神秘的任务窗口。死到临头，决定接受任务的水篠旬，成为了唯一能够「升级」的人——
