故事发生在2017年的地球，飞鸟信（鹤野刚士 饰）的父亲飞鸟一马是一名宇航员，在一次任务之中下落不明，长大后的信继承了父亲对正义的追求，成为了地球和平联合组织的一员，在学习和训练之中展现出了过人的实力，甚至打败了王牌飞行员由美村良（齐藤理沙 饰）。
迷你特工队的战士福乐失忆后来到了名为丛林岛的地方。在这里，他和超威战队的伙伴们并肩作战，对抗利用黑暗能量精灵占领丛林岛的火花军团坏蛋们，开启了守护正义的新征程！在丛林岛生活的超威战士们面对火花军团的侵占，敢于团结反抗邪恶的无畏行为，真切地传达着善良正直的力量。同时，福乐与新朋友一起进步成长为优秀的战士，也在教导小朋友们要真诚友善地与人 相处，用积极向上的态度面对新环境、新挑战......不仅如此，《迷你特工队超威能量》通过动画中绿色能量和城市环境的好坏紧密相连的设定，向小朋友们生动地阐述了保护生态环境是 与个人息息相关，要树立正确的环保意识，为大自然贡献属于自己的绿色能量。
