在第三季中，乐佩回到了科罗娜王国，拯救自己的父母和瓦里安的父亲，经过一系列冒险终于准备好正视卡桑德拉的背叛和Zhan Tiri的邪恶计划，一场大战一触即发。
美乐蒂在玛莉田园开了一间蛋糕店，但自从她在森林里碰见一颗心脏后，周遭就开始接连发生怪事。与此同时，酷洛米开在对面的和菓子店总是生意惨淡，于是她决心弄清楚美乐蒂的蛋糕有什么秘密。美乐蒂和库洛米为了甜点大赛努力准备，要在国际级甜点名厨皮斯塔齐奥面前拿出好表现。不过，没人料得到这场比赛竟会牵扯出攸关玛莉田园命运的大事件。
天才脑科学家白月魁为救恩师霍恩进行了脑移植术，却不想霍恩受到西弗残存意识的影响......琼斯盗取了天使再生剂注射到19号实验体上引起了一系列异变。同一时间，久川市因为瘟疫感染变成了一片人间炼狱，市长白靖宇和人工智能ASH为了抵御联盟的入侵誓死不降，却不想等到一切尘埃落定之时，真正的末日却来临了
藤沼悟（满岛真之介 配音）拥有着能够回到过去的特异功能，母亲佐知子（高山南 配音）被害，曾经信赖的朋友白鸟润（水岛大宙 配音）即将作为儿童连续杀人案的真凶被处以死刑，在这个节骨眼上，悟忽然回到了1988年，回到了当时就读的小学。
