皇太子在一次民间出巡，邂逅了一位民间女子。这位女子为皇太子诞下一名女儿。适逢盗贼作乱，皇太子与母女俩失散。数年后，皇太子已登基成为皇上，并寻回失散的女儿──甜丝丝。丝丝在民间流落多年，沾染了民间的市井习气，加上生性懒散，皇上为之头疼。皇上为了让丝丝成为一个高贵的格格，于是把她送进尚书房学习。甜丝丝格 格那顽皮、爱捣蛋的可爱性格为皇宫带来了新冲击，故事亦由此而起。此后，甜丝丝认识了尚书房班长心柔柔、从西洋归来的华伦，以及后备武状元白米饭。这四位好友与讨厌小朋友的大臣王坤，在皇宫发生连串趣事。
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前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
故事以18世纪的欧洲为舞台，在当时的意大利某小镇上，有着日本血统的孤儿天马和喜爱绘画的亚伦是一对挚友。某日亚伦受到大圣堂的神父 ( 睡神修普诺思) 的指引，去到一处被称为“地面上的极乐净土”的地方寻找“真实之红”。在那里亚伦遇到了一个叫“潘多拉”的神秘少女，自此亚伦的身体开始发生了变化。
