《太祖秘史》展现了一代天骄努尔哈赤大情大性的一生，讲述了努尔哈赤和他的女人们的故事。在那个血与火，情与爱的年代，努尔哈赤如一匹奔跑在辽东大地上的孤狼，面对杀父之仇，夺子之痛；众叛亲离，走投无路；终十三甲起兵，统一女真各部，与明朝分庭抗礼，缔造英雄霸业。东哥、佟佳氏、阿巴亥、孟古、那齐娅这五个如清泉一般的绝世美女，用温婉溶化了英雄的铁石心肠，用柔情成就了一代枭雄，但红颜薄命也带给了努尔哈赤此生无可挽回的遗憾，终使英雄郁郁而终………
忠臣内阁首辅苏氏之女苏莹莹（徐轸轸 饰）在嫁给二皇子谢予衡（朱旻昕 饰）当天，被谢予衡率兵以苏首辅通敌叛国为由杀灭全家，谢予衡也由此登上太子之位。三年后，苏莹莹归来意欲为父沉冤昭雪，查清通敌叛国一案，和七皇子谢屹安（林泽辉 饰）联手，伪装成谢屹安身边的丫鬟素樱。两人从假银票案入手，发现案子与苏首辅、谢予衡相关，便深入调查。两人也由一开始的不对付到互生情愫，齐心协力、不顾危险亲身接近假银票案的涉案人员，一步步接近真相，也由此揭穿了谢予衡意图谋权篡位的阴谋——原来谢予衡不是皇室血脉，他为了争夺王权，制造假银票聚敛财富，行贿百官且培养杀手组织“朱雀阁”来铲除异己，因为苏首辅生前查到谢予衡是假银票案的主谋，故而谢予衡命人盗取苏首辅的官印，伪造苏首辅通敌的文书来陷害苏首辅。
来自蒙古科尔沁旗的大玉儿（宁静 饰）从小被誉为“满蒙第一美女”，她和皇太极（刘德凯 饰）之弟、睿亲王多尔衮（马景涛 饰）从小青梅竹马、按许终身，却被皇太极纳为侧福晋，被封永福宫庄妃，与多尔衮成了叔嫂关系，但始终余情未了。皇太极突然驾崩，帝位之争风起云涌，掌握兵权的多尔衮成为皇太极长子豪格的最大敌手，却出乎意料拥护大玉儿之子福临（严昆 饰）即位，大玉儿至此成为孝庄太后。为了儿子的帝位、大清基业，孝庄始终和多尔衮保持若即若离关系，而为了太后的清誉，两人多年的炙热感情也只剩下发乎情止乎礼的遗憾。多尔衮英年早逝，孝庄也只能把痛苦埋在心底，用尽手段辅佐顺治帝的统治，而顺治遭遇爱妃董鄂氏（舒畅 饰）病故，萌发出世念头，孝庄不得已立顺治之子玄烨为帝，年号康熙，开创一代大清盛世。
