在一颗名为“赤星”的行星上，人类移民政权天柱会，利用名为“苍寰晶石”的神秘物质，建造了能够改造大气的装置——“浑天”。
继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
有马一花（小坂井祐莉绘 配音）是一名平凡的女子高中生，一天，在地铁站里，她遇见了因为低血糖而差点摔下楼梯的上班族天草亮（丰永利行 配音），善良的一花将自己的便当送给了亮，被一花这一举动深深的感动的里亮瞬间坠入了爱河之中，并且在隔天就对一花展开了热烈的攻势。天草理绪（长谷川玲奈 配音）是一花的同学兼好友，巧合的是，亮竟然就是她的哥哥。从理绪那里，一花得知亮是一个非常轻浮的男人，这无形之中给亮追求一花增加了难度。多丸快（榎木淳弥 配音）一直默默爱慕着一花，在亮这样一个成熟又强大的竞争对手面前，多丸会做出怎样的回击呢？
讲述可自由变换与行动的12只谜样深悟，与来自地狱的使者共同出现在人间界，住在人类三姊妹的家中秘密实行将人间界变成地狱的计划。
