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动画在原作基础上把时间轴转移到了六胞胎已经成年后的背景下。然而他们却一如既往地选择了家里蹲，每天过着无所事事的日子。作品在维持了原作风格的同时，大胆融入了各种NETA和现实要素。
二阶堂明本来是个笑起来很阳光的男孩，很受欢迎。但初中一次意外事件，给他留下了严重的心理创伤。上高中后，他整个人变得死气沉沉，也不与人打交道，犹如从伊藤润二漫画中走出的男子，传闻跟他搭话就会变成秃头。大家对他避之不及，但偏偏有人不信邪，要去找他搭讪……
藤原拓海由于不败的战绩，必然会受到新的挑战。《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了赛车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。
