故事将衔接TV版第三季结局紫悦进化为天角兽加冕成新公主之后的生活。紫悦公主加冕后不久，水晶帝国的珍贵王冠被盗。为了找回王冠，她独自前往一个平行世界。
阿兔她们已经升上高中了，阿兔、亚美、真琴、美奈子同考入十番高中。被封印在镜中的死亡月亮纳美妮亚女王，被一把神秘的声音唤醒，那人替她解除封印，并煽动她的仇恨情绪，使她对美少女战士作出报复。她派出镜之舞孃袭击战士们，并藉流星雨把镜之碎片植入阿卫的身体内，慢慢控制阿卫。为了应付此一危机，雪奈复活并从土萌教授那里接回阿萤，去找阿遥和美智留，再次加入战斗。镜之舞孃袭击外部战士四人，仍是婴儿的阿萤被激发出力量，帮助其餘三位外部战士变成为SuperSailorUranus、SuperSailorNeptune和SuperSailorPluto。阿萤经此一役，身体和心智迅速成长，并再度醒觉，成为SuperSailorSaturn。所有美少女战士齐集，集合力量使阿兔变成终极形态Eternal Sailormoon。眾人担心阿卫，赶到他家时，他已被纳美妮亚控制，带走了。阿卫因为失去本性，不再爱阿兔，令他们的爱情结晶豆钉兔也慢慢消失。本来要变成Eternal Sailormoon是要靠眾人之力的，但阿兔救阿卫和豆钉兔心切，竟能独自变成Eternal Sailormoon，自己一个去纳美妮亚那里救人。其他战士也跟著追去，其间被纳美妮亚把她们分开，各个击破，封印在镜中。阿兔终於找到纳美妮亚和迷迷糊糊的阿卫，SuperSailorChibimoon就在阿兔的怀内消失。纳美妮亚诉说自己悲惨的过去，阿兔听了，只感到同情、可怜她，不再憎恨她，愿意让她报复，阿兔相信眾人都会愿意和纳美妮亚做朋友的。被封印的眾战士和阿卫都感动落泪，所有的封印解除，SuperSailorChibimoon亦重现世上。眾战士集合力量，阿兔变成Eternal Sailormoon，引导纳美妮亚找回她真正的梦想。
继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
在21世纪，麻将成为了世界性的娱乐活动，各地都在举办着相关的竞技比赛，其中要以在高中生之间举办的全国麻将大赛最为权威。同时，一部分在麻将上有着杰出天赋的选手们也接连浮出水面，天才少女宫永咲（植田佳奈 配音）和原村和（小清水亚美 配音）均为其中的一份子。在麻将场上，原村和看重的是经验与数据，根据其丰富的对战经历为对手分门别类从而取得优势。宫永咲则有着完全不同的技巧，无论遇上怎样的牌局，均能够以不胜不服的成绩结束比赛。一次对决之后，不打不相识的两人决定加入学校的麻将部，战胜道路上不断涌现的敌人，最终称霸全国大赛。
龙武二十七年，天空突降怪雪，此雪不寒且温，亦不融，后世称之为“暖雪”。在 “暖雪“降下后的三个月，除魔组织“慈母教”的头号刺客狴犴奉命前往皇城，在这段路途中，关于这王朝由盛转衰、四大家族逆天而行的历史碎片徐徐展开……
