令和末期，日本因全球核战影响走向衰败，大量难民涌入，更严重的病毒、大地震、苛政与饥荒接连发生，引发民众暴动，国家体制崩溃，人口锐减至原来的十分之一以下，文明水平倒退至明治初期，并分裂为“大和”“武凰”“圣夷”三国。约一百年后，大和历56年，生于爱媛郡的少年三角青辉登上历史舞台，一段以日本再统一为目标的时代故事由此展开。
鼠老大因目睹神兽玄龟逃离引发鼠村暴乱，凭借特殊的纯净体质幸存却遭族人攻击，被药庐弟子四亭救下。为救鼠族，他携护卫八當踏上寻药之旅：穿越沙漠遇肥怪，逃亡中结识青狐，揭露白狐因炼金术失控酿成悲剧；勇闯诡市赌局，智破白狐设局，最终以青狐遗留的"有悔泪"为药引化解鼠族危机。历经沙漠险境与诡市赌局，鼠老大在玄鸟指引与挚友相助下，以纯净心灵破除贪欲枷锁，见证白狐忏悔救赎，最终携药引重返鼠村，完成自我成长与族群救赎的双重使命。
