架空战国时代的日本被未知生命体“鬼神”统治已有150年，唯有“武士团”反抗其统治，一直不懈抗争。武藏和小次郎也曾向往着武士，发誓有朝一日结成最强的武士团。可是，他们所生活的城镇却将鬼神奉为神明，将武士视为异端。武藏只能将梦想藏在心中，直到有一天，他遭遇了人类被鬼残忍杀害的一幕。为了重拾与小次郎的誓言，武藏向强大的鬼发起了挑战…！
距离我们上次见到武士杰克已经过去了 50 年，时间对他并不仁慈。阿库摧毁了每一个时间门户，杰克停止了衰老，这是时间旅行的副作用。他似乎被诅咒了，只能永远在这片土地上游荡。他的过去一直困扰着他，还有一群刺客为了阿库的荣耀而致力于杀死他。
