天才脑科学家白月魁为救恩师霍恩进行了脑移植术，却不想霍恩受到西弗残存意识的影响......琼斯盗取了天使再生剂注射到19号实验体上引起了一系列异变。同一时间，久川市因为瘟疫感染变成了一片人间炼狱，市长白靖宇和人工智能ASH为了抵御联盟的入侵誓死不降，却不想等到一切尘埃落定之时，真正的末日却来临了
陆羽作为一个穿越者（可有可无），来到一个遍布诡异的世界小心翼翼的生活了16年。尽管十分谨慎，但还是意外撞见邪教徒祭祀现场，被邪教徒盯上，危难之际，他觉醒了系统，制造怪物，打败邪神眷属。然而，随着他“视野”的开阔，他所认识的人，所接触的事越来越多，直到他发现人类缺少的秘密。
藤原拓海由于不败的战绩，必然会受到新的挑战。《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了赛车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。
女主角柚是一位狐狸娘在“此花亭”作为服务生打工居住，此花亭内还有其他作为服务生的狐娘前辈们，而这家温泉旅馆的客人都是各路熟客神仙，只有拥有「票据」的客人才能进入，而狐娘们的热情周到的服务以及狐娘之间的友谊治愈人心。
