1950年，新中国成立的第二个年头。虽然华夏大地迎来了久违的和平，但是在湖广一带仍有为数不少的国民党残余势力和土匪恶霸的部队星散在大山深处。尤其在匪患最为严重的广西，先后有数百名革命干部遭到杀害。为了清剿匪患，一度被判处死刑的前四野军官洪风（丁海峰 饰）逃得一命，他被任命为飞狐小分队的队长，带领石八枪（马师红 饰）、莫三甲（尚于博 饰）、伍味子（杨舒 饰）等性格各异、身怀绝技的高手挺进大瑶山。那里不仅有向山雷和女匪柳叶飞两股强劲的土匪势力，更有昔日恋人邱雨（温峥嵘 饰）组建的毒刺小分队。
在江户深川的长屋里梦想成为医生的女孩子阿市拥有一种特别的力量，能够听到在遗憾中死去的人们的“声音”，看到他们的“身影”。性格开朗、积极向上的她边帮助身为父亲的城镇医生松庵，一边与调查员的头目仙五朗一起逼近人性的黑暗，解开不可思议的事件之谜。
县城一役让李向阳率领的武工队名声大震，日本鬼子顿时成了没头苍蝇。善于逢迎媚上的渡边被日军司令冈村提拔为联队大佐。渡边对李向阳的神出鬼没颇为胆寒，抱着不求有功但求无过的心思龟缩在县城，一时武工队和日本人倒也相安无事。渡边整天忙着讨好冈村派下来的谍报专家贞子，小日子过得不亦乐乎，直到一心为兄报仇的松井横二的到来，终于打破了这短暂的平静。
是天地混沌未開，還是人間 人間錯了血脈。一樁天經地義的大事，卻交給一個乞丐。他赤條條去，他赤條條來，心裏到底糊塗還是明白。他抬起頭笑，他低下頭哭，身無分文 他卻千金難買。是天地混沌未開，還是人間 人間錯了血脈。一個堂堂正正的男人，卻讓他三叩九拜。他赤條條去，他赤條條來，心裏到底糊塗還是明白。他高人一等，又低人一頭，活了一世 他卻千秋萬載。——《武訓》片頭歌 張宏森 作詞
